As atividades clínicas no CPRJ se caracterizam pelos seguintes núcleos de pesquisa e prática clínica:

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O atendimento clínico do CPRJ se realiza através dos Núcleos de pesquisa e prática clínica — Núcleo Social Clínico e Núcleo Comunitário — e tem como objetivo oferecer um atendimento psicanalítico, considerando as possibilidades financeiras dos interessados.

O Núcleo Social Clínico se apresenta enquanto uma clínica social que presta serviços à comunidade oferecendo atendimentos psicanalítico individual a crianças, adolescentes e adultos. A Clínica Social do CPRJ é constituída por psicanalistas membros efetivos e associados que atendem em seus consultórios.

Os interessados devem comparecer à Secretaria para fazer a inscrição e agendar a entrevista de triagem.|

O Núcleo Comunitário, ainda em processo de organização, consiste no exercício da atividade clínica extramuros realizada, no momento, por psicanalistas membros efetivos do CPRJ.